O Arquivo X é um arquivo que contem relatos sobre casos paranormais
e não explicados que acabaram guardados no subsolo do FBI que não era
de confiança, mais tarde achados pelo agente Fox Mulder. Desacreditado e
debochado pelos outros membros do FBI, Mulder começa a investigar esses
arquivos X que contém casos de abduções e parecem envolver uma
conspiração do governo americano para esconder a existência de vida
extraterrestre. Nos arquivos também se encontram casos envolvendo
satanismo, relatos de aparições de fantasmas, ocultismo e outros casos
misteriosos.
E dentro da sua busca frutífera pela verdade está seu objetivo
inicial, que é encontrar sua irmã, raptada há mais de vinte anos e que
ele acredita ter sido abduzida por alienígenas.
Na tentativa de invalidar as suas investigações e fechar o arquivo x,
o FBI recruta a agente Dana Scully, uma agente que além de médica,
cientista e legista, é cética e deve reportar e dar uma explicação
científica para os estranhos casos que Mulder e ela vão investigar, mais
ou menos como uma espiã. Entretanto com o passar do tempo, a
própria agente Scully começa a se dar conta de que as inacreditáveis
teorias de seu parceiro fazem sentido e cada vez mais a sua ciência
passa não mais a confrontar o que testemunha, mas a buscar respostas
científicas para tais acontecimentos.
Pouco a pouco, Scully torna-se mais crente e sua parceria com Mulder
evolui a estágios inesperados de grande amizade (nas temporadas
seguintes um romance) e cumplicidade na busca pela verdade e para
desbaratar a grande conspiração que envolve os altos escalões do governo
americano.
